2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.