Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…

Как выяснилось, Годзилла, убитый кислородом-разрушителем, был не единственным своем роде. Вскоре появляется еще один Годзилла, которого на этот раз называют Гигантисом. Гигантис появляется вместе с другим монстром — Ангирусом. Гигинатис и Ангирус появляются в Осаке, где начинают сражение. После долгой и упорной борьбы Гигантис убивает Ангируса и продолжает крушить город. Вскоре люди придумывают план, как избавиться от монстра…

После многих лет затишья Годзилла вновь объявляется у берегов Японии и уничтожает рыболовное судно. Опасаясь новой вспышки слухов и паники, японские власти изолируют единственного выжившего моряка, но после того, как Годзилла нападает на советскую ядерную подводную лодку, скрывать правду становится бессмысленно и опасно.

Долгие годы жители поражённого радиацией островка в Тихом океане поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре и заодно её огромному яйцу, из которого в своё время должна была вылупиться новая Мотра. Так продолжалось до тех пор, пока на остров не налетел тайфун, который смыл драгоценное яйцо в море и прибил к берегам Японии, где его выловила бригада рыбаков.Мотра в сопровождении двух своих фей-хранительниц обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо обратно, но получила отказ: находка уже попала в руки крупной корпорации, решившей превратить яйцо в прибыльный аттракцион для туристов. Впрочем, когда страну вновь начал терроризировать Годзилла, людям ничего не оставалось, кроме как признать свою ошибку и просить Мотру о защите.

Желая завоевать планету, инопланетный разум создаёт и посылает на землю механического двойника Годзиллы. Чтобы помочь «земному» Годзилле одолеть монстра, люди призывают другое легендарное существо — Короля Сизера.

Увесистый метеорит падает на Землю и приносит с собой злобного трёхголового дракона — Короля Гидрана. Заодно от спячки пробуждаются Годзилла и Родан, которые начинают топтать японские войска, а также друг друга. Тогда разумная гигантская бабочка Мотра решает убедить парочку не драться между собой, а объединиться против инопланетного супостата.

15 августа 1945 года, японский народ столкнулся с полным поражением. Миллионы солдат и гражданских лиц погибли, остальные страдали от голода, их города были превращены в груды обломков, два из них испарились под взрывами атомных бомб. Правительство зашло в тупик, некоторые министры призывали к капитуляции, другие же утверждали, что честь требует принять последний бой на родной земле. Чтобы разрешить ситуацию, кабинет министров решил пойти на беспрецедентный шаг — просить императора решить судьбу нации. Не в силах больше выносить страдания своего народа, используя своё право, император объявил, что Япония хочет сдаться.Но прежде многое ещё предстоит сделать: императорский указ, должен быть составлен, его нужно записать, и объявить нации. Многие не смогут принять капитуляцию, и готовы будут пойти на, что угодно — вплоть до измены — чтобы только избежать этого. В течение одних суток, судьба 100 миллионов человек будет решена. Это реальная история 15 августа 1945… Самого длинного дня Японии.

Спасатели находят жертв недавнего кораблекрушения на острове Бейру, на котором ранее проводились испытания ядерного оружия. К их удивлению, у выживших не наблюдается никаких признаков воздействия радиации. В ходе исследования острова учёные встречают множество странных вещей, а также двух крошечных фей, которых лидер экспедиции решает похитить и забрать с острова. Но на его беду эта парочка имеет телепатическую связь с гигантским мотыльком по имени Мотра, который немедленно вылетает на выручку своим феям.

Фильм рассказывает об очень коротком, зато очень ярком периоде в истории японского Императорского флота с декабря 1941 по июнь 1942 годов. Атака на Перл-Харбор, победоносное шествие по Юго-Восточной Азии и Индийскому океану, и, наконец, апофеоз фильма, да и всей истории Императорского флота, — сражение у атолла Мидуэй. Эти события мы видим глазами молодого штурмана японского палубного торпедоносца Коджи Китами, который разрывается между долгом к родине и желанием жить ради одинокой матери и молодой жены.