Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сооскэ, и они привязываются друг к другу. Теперь у Поньо только одно желание — стать человеком!

Умирающий патриарх хочет увидеть свою потерянную любовь в последний раз, поэтому он пытается вызвать её при помощи чёрной магией. На следующий день после этого события начинаются таинственные убийства.