Прошло 6 месяцев после событий сериала. Акира пропал оставив напоследок только прощальное сообщение для Саки. О том что будет её ждать «там где всё началось». Собрав вещи Саки отправляется в Нью-Йорк на встречу новым приключениям. Так начинается новая глава этой захватывающей и неповторимой истории, где наши герои вновь сразятся с оставшимся Селесао ради спасения Японии.

Старшеклассник Коисо Кенджи, одарённый математическим даром, принимает приглашение от девушки на поездку к её семье. Если бы он только знал чем всё закончится. Сначала ему неожиданно приходится играть роль парня этой девушки перед её родственниками. Потом у него крадут аккаунт к стране Оз (своеобразная виртуальная реальность, в которой не только играют и развлекаются, но и ведут вполне серьёзные дела, вроде покупки товаров и ведения бизнеса). Далее события катятся как снежный ком. В итоге этой парочке старшеклассников придётся стать спасителями миров (реального и виртуального), и заодно спасти себя и близких от гибели.

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

В далеком будущем 2/3 населения Земли уничтожено из-за различных природных катаклизмов. От сна пробудились ангелы Тени, бессмертные крылатые создания, цивилизация которых была разрушена 12000 лет назад. Вернувшись, ангелы Тени решили отомстить людям и вновь подчинить себе мир. Но люди не были согласны сидеть, сложа руки, и покорно ждать полного уничтожения. Из руин на дне моря они подняли три вектора — боевые машины, созданные некогда ангелами Тени. Вот уже 11 лет война идет с переменным успехом. Людей становится все меньше, но и мифические звери нередко проигрывают в борьбе с гигантским роботом. И обе стороны ждут появления Солнечного Крыла, реинкарнации ангела Аполлониуса, некогда уничтожившего собственных соплеменников. Ему одному под силу вернуть Древу Жизни былое величие. Но он может встать и на защиту людей, раскрыть истинные возможности Аквариона и уничтожить ангелов раз и навсегда. Судьба мира зависит от его выбора.

Действие анимационного фильма происходит в 2112 году, когда контроль за людьми ужесточается настолько, что ребёнку при рождении вживляют чип, который называется «психо-паспорт». С помощью этого устройства специальная программа способна считывать физическое и психическое состояние человека, определять дальнейшую судьбу и вовремя его останавливать, если он вдруг задумает преступление. Таких людей мгновенно отлавливают и помещают на лечение в больницу. Но не только простые служители порядка имеют право заниматься поимкой будущих преступников, но и «перевоспитавшиеся» люди. За такими нужен глаз да глаз, несмотря на то, что теперь они на стороне закона. Эта задача возложена на молодого инспектора Аканэ Цунэмори.