Люди из всех слоёв общества: студент, бизнесмен среднего возраста, главный якудза и многие другие, все получили таинственные сообщения от родных и близких, погибших три месяца назад во время кораблекрушения. Во всех письмах содержится указание прибыть на маленький остров во Внутреннем Японском море в один и тот же день. В полночь, когда утонувший корабль поднимается из воды, у людей появляется возможность сказать последние слова потерянным близким, после чего умершие должны снова сесть на корабль и исчезнуть в глубинах.

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Хироши Нарасаки, который никогда не знал своего отца, является выпускником престижного университета и имеет высокооплачиваемую работу биржевого брокера. Мужчина счастлив в браке со своей красавицей-женой, обожает малолетнего сына, и кажется, что его жизнь является воплощением успеха. Однажды вечером, когда Хироши возвращался домой, к нему подходит бродяга, утверждающий, что он его отец.

Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу — гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра.В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла».Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Современная Япония, западные окраины Токио. Люди застраивают леса и холмы, которые раньше принадлежали тануки — енотовидным собакам. Тануки начинают героическую, но обреченную войну за выживание. Для этого они возрождают древнее искусство превращения. С его помощью они могут превращаться даже в людей…

Расщепление урана в земных недрах вызвало неуправляемую цепную реакцию в теле Годзиллы, превращая его в ядерную бомбу замедленного действия, готовую взорваться в любую минуту.В это время в одной яз лабораторий Токио ученые создают препарат, неверное применение которого приводит к созданию супермонстра «РАЗРУШИТЕЛЯ», уничтожающего все на своём пути. Единственный шанс человечества на выживание — что в чудовищной схватке титанов не будет победителя.