Прошло 6 месяцев после событий сериала. Акира пропал оставив напоследок только прощальное сообщение для Саки. О том что будет её ждать «там где всё началось». Собрав вещи Саки отправляется в Нью-Йорк на встречу новым приключениям. Так начинается новая глава этой захватывающей и неповторимой истории, где наши герои вновь сразятся с оставшимся Селесао ради спасения Японии.

Будущее. Человечество одну за другой теряет свои колонии и миры, проигрывая таинственным Жертвам, инопланетянам, желающим стереть землян с лица Вселенной. Последний оплот людей — планета Сион, не опаленная пока огнем жестоких сражений, а последняя надежда человечества — пять гигантских боевых роботов серии «Богини» и меньшие по размеру роботы огневой поддержки.Для подготовки пилотов и техников армии землян создается огромная Академия операторов Богинь (АОБ). Работа Академии затрудняется тем, что пилотировать роботов могут только молодые люди, вчерашние подростки, наделенные Экс — экстрасенсорными способностями. Поэтому курсантами Академии становятся дети, не готовые поначалу ни физически, ни морально взять на себя ответственность за судьбу земной цивилизации.Зеро Энна — пятнадцатилетний юноша, новый и очень перспективный курсант. Высокий уровень его Экс дает основания надеяться, что со временем он может удостоиться чести управлять одной из Богинь. Однако для этого надо учиться, учиться и учиться…

Сюжет повествует о девушке, которая попала в параллельный мир, похожий на феодальный Китай, чтобы стать правительницей одного из Двенадцати Королевств.

Несколько девочек абсолютно не похожих друг на друга, как в возрасте так и в характере становятся лучшими подругами. Помогают друг другу учиться, поддерживают в различных соревнования, отдыхают вместе… Только вот училки не как не желают отставать от их милой и «кавайной» компании. Но деваться не куда, приходится девочкам нянчиться ещё и с двумя училками.

Фильм рассказывает о девушке Отоми, которая гуляет по улицам Киото, посещая ночные вечеринки, фестивали, книжные ярмарки. Но героиня и не подозревает, что за ней по пятам следует влюблённый в неё сэмпай, надеясь на «случайную» встречу с любимой.

Рюко Матой обладает половиной ножниц, необычным оружием, с которым она путешествует по миру, чтобы отыскать его вторую половину. Второй частью владеет человек, который убил отца девушки. Героиня встречает Сацуки Кирюин, президента студенческого совета академии Хоннодзи, которая что-то знает о «ножницах», поэтому Рюко поступает на учёбу с целью разгадать эту тайну.

У Кейтаро Урашимы в детстве была подруга, которая рассказала ему, что если двое любящих друг друга поступят вместе в Токийский университет, то они всегда будут вместе. Но семья его подруги переехала, и дети потеряли связь друг с другом. Проходит 15 лет, Кейтаро уже не помнит ту девочку, с которой они вместе проводили дни и поклялись друг другу, что обязательно поступят вместе в университет. Но герой всё ещё не теряет надежды её найти и прилагает все усилия, чтобы поступить в вуз.

Рюдзи Такасу давно влюблён в свою одноклассницу Минори и безуспешно пытается привлечь к себе её внимание. Неожиданно он узнаёт, что к его лучшему другу питает нежные чувства подруга Минори Тайга. Застенчивая девушка решает нанести визит Рюзди, и, поймав наилучший момент, ударяет его по голове, чтобы тот всё забыл и случайно не проговорился своему другу о её чувствах. Тайга не успевает привести свой план в действие, так как откровение Рюдзи о том, что он влюблён в Минори застаёт девушку врасплох. С этого момента герои решают действовать сообща, чтобы помочь друг другу добиться взаимности.

Шики Тоно в детстве получил почти смертельную травму, после чего у него начались проблемы со здоровьем, а его глаза начали видеть то, что в принципе видеть не положено нормальному человеку. Так как старшеклассник происходит из одной из самых влиятельных и богатых семей, его отец, не желая иметь с сыном проблем, отсылает его к дяде с тётей. После смерти главы семьи младшая сестра Шики, Акиха, которая теперь стала главой клана Тоно, зовёт своего брата в родное поместье. Герой рассчитывает на то, что его ждёт спокойная жизнь, но он глубоко ошибается.

Япония, середина XIX века. Отец Тидзуру Юкимуры, талантливый врач и целитель, отправляется в Киото. Спустя некоторое время его дочь начинает серьёзно волноваться, потому что отец обещал отправить весточку, что с ним всё в порядке, но новостей всё нет и нет. Героиня, переодевшись мужчиной и вооружившись семейным мечом, отправляется на его поиски. По дороге на Тидзуру нападают бандиты, но проходившие мимо люди из отряда Шинсенгуми спасают девушку и доставляют в свой штаб. Когда они узнают, что героиня ищет своего пропавшего отца, они неожиданно заявляют, что тоже ведут поиски господина Юкимуры.