Спустя 31 год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии, воссоздан новый город — Нью Токио.Внешне все под контролем, однако, организация страны теперь напоминает профашистское государство, жесточайшим образом подавляющая попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические опыты над людьми для разработки совершенного вида оружия.Военные, в лице полковника Сикисима, руководителя проекта биологических военных экспериментов, входят в конфликт с политическим крылом правительства. А в стране возникает религиозный культ сверхчеловека по имени Акира, приход которого, якобы, может решить все проблемы Японии.

Созвездие Джокера состоит из нескольких солнечных систем — Истер, Вестер, Сютланд и Норд. Порядок в межпланетных королевствах поддерживают доблестные рыцари, пилотирующие могучих боевых роботов, именуемых МортарХэддами. К каждому рыцарю привязана Фатима — неотъемлемая часть МортарХэдда. женщина-андроид, связывающая пилота с его машиной. Это история Бога Света Аматэрасу, предводителя Призрачных рыцарей, сильнейших ХэддЛайнеров созвездия, и хроника возвышения двух Фатима — Клото и Лакесис — последних и величайших творений знаменитого доктора Балланша.

В будущем вся планета начинает напоминать огромный океан. Новой столицей мира становится технологически оснащённый остров Индастрия. В ходе ядерной бомбёжки люди пытаются покинуть Землю, но это им не удаётся. Мальчику Конану удаётся выжить среди этого хаоса. Он думает, что они с дедом — единственные выжившие на планете, пока однажды не знакомится с девочкой Ланой, которую через некоторое время схватывают солдаты Индастрии, тогда мальчик отправляется её выручать.

После того, как мир почти разрушен войной, молодой мальчик и его друзья вступают в борьбу, для того чтобы спасти планету от тех, кто стремится завоевать то, что осталось от цивилизации.