Действе фильма происходит в 2071 году. В ходе террористический бомбардировки был высвобожден смертельный вирус, который погубил многих. Правительство назначило неимоверное вознаграждение тому, кто сможет поймать виновника. Команда охотников за головами космического корабля «Бибоп» берутся за это расследование, в надежде найти преступника и отдать его в руки правосудия. Но не только они ведут эту охоту.