Анимационный фильм о герое-спасителе землян - капитане Харлоке. Коррумпированное правительство планеты сдало все ресурсы Земли в распоряжение инопланетной расе и объявило капитана пиратом. Но капитан неуловимого звёздного корабля «Аркадия» не сдаётся, оставаясь для людей единственной надеждой на освобождение.

С чего началась история Харлока — человека, ставшего вольным пиратом на просторах бескрайнего космоса? С возвращения на Землю капитаном военного корабля, перевозящего беженцев. Была война, и земляне потерпели поражение. Сопротивление ушло в подполье, и только радиовещание на пиратской волне — «Голос свободной Аркадии» — напоминает о том, что земляне продолжают бороться. Отказавшись служить захватчикам и получив нелестную характеристику от капитулировавшего премьер-министра, Харлок становится гражданским и получает продовольственную карточку. Делать нечего: ни оружия, ни корабля у бывшего капитана больше нет, как и средств к существованию, единственный способ не умереть с голоду — использовать карточку, и Харлок отправляется в местную столовую, где знакомится с опустившимся военным — механиком Тотиро…

Оригинальная история собрана из небольших глав, рассказывающих о парне Тэцуро, который, желая отомстить злодею, пересекает целую галактику. Проделывая своё путешествие, Тэцуро попадает в разные приключения на разных планетах, где знакомится с подводными людьми, людьми-насекомыми, говорящими динозаврами и так далее. Планеты также различны: планета в стиле XX века, планета вечного лета и планета вечной зимы, золотая планета и планета непрекращающихся землетрясений.

Действие анимационного фильма происходят спустя один год после событий, о которых рассказывалось в предыдущей ленте, где Титсуро и его мать Мател избавили вселенную от Механизированной Империи. Теперь им придётся постараться ещё раз, чтобы освободить галактику от тёмных сил.

В далёком будущем человечество колонизировало всю галактику, техническая революция изменила мир. Для межпланетного сообщения используются паровозные составы, галактические экспрессы, которые летают между звёзд. Для людей, которые не желают стариться и умирать, придуманы механические тела — мехари — с помощью которых можно жить вечно. Но эти тела могут позволить себе только очень богатые люди. Несмотря на бедность, беспризорник Хосино Тэцуро тоже мечтает получить вечное тело.