Анимационный фильм о герое-спасителе землян - капитане Харлоке. Коррумпированное правительство планеты сдало все ресурсы Земли в распоряжение инопланетной расе и объявило капитана пиратом. Но капитан неуловимого звёздного корабля «Аркадия» не сдаётся, оставаясь для людей единственной надеждой на освобождение.

2131 год. Неядерная война, почти уничтожившая человечество, закончена. Победивших нет. Солдат спецназа Дюнан Нат выжила и при неясных обстоятельствах попадает в город Олимп, ставший центром Земли. Ее бывший возлюбленный Бриареос, приведший Дюнан в Олимп, потерял тело в сражениях за Северную Африку и стал киборгом.Половина населения Олимпа — клоны специально отобранных человеческих особей, кибернетически модифицированных и улучшенных, — биороиды. Их природа такова, что исключает социальные конфликты и нестабильность. Город и его население контролируется правящей верхушкой и Гейа — кибернетическим мозгом. Кто такие биороиды, неужели Олимп — та самая утопия, о которой мечтало раздираемое конфликтами человечество? Или же именно в Гейа нужно искать причины коллапса человечества?

В 2133 году, после глобальной войны в которой погибло более половины населения земли, город Олимп стал маяком надежды в мире разрушений и страданий. Олимп — утопия, которой управляет суперкомпьютер Гайа, а важные политические посты занимают искусственно спроектированные люди-биороиды — которым неведомы эмоции злости или ненависти.Дюнан Нант — молодая, но профессиональная военная, и Бриарюс — элитный солдат с телом киборга — напарники и возлюбленные, вместе охраняют покой идеального общества будущего.Старых друзей подвергают нешуточному испытанию, когда напарником Дюнан назначают Терея — экспериментального биороида-воина, созданного на основе ДНК Бриарюса и как две капли воды похожего на его настоящее тело.

2045-й год. После глобального краха экономики началось стремительное развитие искусственного интеллекта, после которого человечество вступает в фазу войны. Бывшие сотрудники 9-го отдела вынуждены противостоять этому постчеловеку, который превосходит киборгов по всем параметрам.