Действие мультфильма происходит в другой «марвеловской» вселенной — Ultimate Marvel, в которой переосмыслены многие популярные персонажи.


Майлз Моралес — сын афроамериканского полицейского и медсестры из Пуэрто-Рико — живёт как обычный подросток, рисует граффити и ненавидит школу. Однако однажды всё кардинально меняется — укус необычного паука наделяет юношу сверхсилой. И ко всему прочему, на глазах Майлза Питер Паркер погибает от рук суперзлодея Кингпина, который открыл врата в разные измерения. Теперь Майлзу приходится взвалить на свои плечи бремя борца с преступностью, только как это сделать - парень не знает. Тем временем, в измерение Майлза попадают супергерои из разных вселенных — всему виной Кингпин, нарушивший временной континуум. Так Майлз знакомится с несколькими Человеками-пауками: ещё одним Питером Паркером — небритым и очень уставшим, Пенни Паркер из аниме, Свин-пауком и многими другими. И теперь им всем придётся закрыть врата, чтобы спасти свои миры от разрушения.

Трейлер фильма «Человек-паук: Через вселенные»

В сцене после титров показан гениальный генетик Мигель О’Хара — это Человек-паук из 2099 года, ещё одного альтернативного измерения. Он общается с некой Лилой — девушкой в виде голограммы, которая пересказывает ему вкратце то, что случилось с супергероями после того, как Кингпин нарушил пространственно-временной континуум. Она объясняет Мигелю, что теперь можно путешествовать между измерениями. И Человек-паук из 2099-го решает отправиться в сюжет анимационного сериала «Человек-паук», транслировавшегося на американском телевидении с 1967 года. Мигель оказывается в сцене, которая стала мемом, когда Питер Паркер сталкивается с грабителем, одетым в костюм Человека-паука.

Кадр из сериала «Человек-паук», ставший мемом