После событий, описанных в первом фильме киносерии, о братьях-черепашках узнают жители Нью-Йорка, они быстро становятся известными, но это не мешает им по-прежнему оставаться в тени и продолжать бороться с преступностью. Их старый знакомый Шреддер, пропавший некоторое время назад, вновь возвращается в город. Он решает превратить двух своих подручных в существ, обладающих схожей с черепашками силой. Так на свет появляются кабан и носорог Бибоп и Рокстеди.

Трейлер фильма «Черепашки-ниндзя 2»

Помимо Шреддера, у них появляется ещё одна серьёзная проблема – над Нью-Йорком открылся портал в таинственное Измерение ИКС, который изверг из себя новое чудовище по имени Крэнг. Это мозгоподобное существо, использующее для перемещения специальный роботизированный костюм.

Кадр из фильма «Черепашки-ниндзя 2»

В фильме к команде отважных зелёных супергероев присоединяется новый персонаж – Кейси Джонс. Этот мститель, скрывающий своё лицо за маской мстителя, впервые появился в комиксах о черепашках. В блокбастере его роль сыграл Стивен Амелл, известный по популярному сериалу «Стрела», рассказывающему об одном из героев комикс-вселенной DC.